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Zeit gewinnen, um rechtzeitig zu helfen – PRIMEFLEX for Hadoop in der Deutschen Krebsforschung

Geschätzte Lesezeit: 2 Minuten

Mehr als ande­re Fak­to­ren zählt bei einer Krebs­er­kran­kung der Fak­tor Zeit – für Unter­su­chun­gen, For­schungs­er­geb­nis­se und Ant­wor­ten auf Fra­gen, die für den Erkrank­ten oft über Sieg oder Nie­der­la­ge im Kampf gegen den Krebs ent­schei­den. Um das Tur­m­or­gut von Pati­en­ten zu unter­su­chen, setzt das Deut­sche Krebs­for­schungs­zen­trum in Hei­del­berg (DKFZ) Fuji­t­sus Inte­gra­ted Sys­tem PRIMEFLEX for Hado­op ein. Auf dem „bit­kom Big Data Sum­mit” erläu­ter­ten Dr. Fritz Schin­kel (Fuji­tsu) und Dr. Mat­thi­as Schles­ner (Deut­sches Krebs­for­schungs­zen­trum) die wich­tigs­ten Fak­to­ren einer „schnel­len Ori­en­tie­rung in Genomdaten”. 

Ver­gli­chen mit Big Data wirkt das mensch­li­che Genom mit „nur” 3 Mil­li­ar­den Basen-Paa­ren eher klein. Jedoch kom­men auf einen Krebs­pa­ti­en­ten meh­re­re Gewe­be­pro­ben und die so genann­ten „Overs­am­pling-Fak­to­ren” sor­gen zusätz­lich dafür, das pro Pati­ent bis zu einem hal­ben Tera­byte Daten anfal­len. Bei einer grö­ße­ren Grup­pe an Pati­en­ten, zum Bei­spiel wie hier für Stu­di­en­zwe­cke, kön­nen somit meh­re­re Peta­byte an Daten zusam­men­kom­men. Mit spe­zi­el­len Ver­fah­ren und in klei­nen Schrit­ten ent­lo­cken die Wis­sen­schaft­ler die­sen Daten die not­wen­di­gen Infor­ma­tio­nen. Bis ein Resul­tat vor­liegt, ver­ge­hen so oft meh­re­re Mona­te. Um die­sen Vor­gang zu beschleu­ni­gen und damit Leben zu ret­ten, berei­tet das DKFZ Roh­da­ten für eine schnel­le, par­al­le­le Bear­bei­tung auf und an die­ser Stel­le kommt PRIMEFLEX for Hado­op zum Einsatz.

Hin­ter dem Fak­tor Zeit steht die Hoffnung

PRIMEFLEX for Hado­op kom­bi­niert die Vor­tei­le vor­kon­fi­gu­rier­ter und vor­ab getes­te­ter Hard­ware, die auf Indus­trie-Stan­dard-Kom­po­nen­ten basiert, mit Open-Source-Soft­ware von Clou­de­ra® und der Big-Data-Ana­ly­se­soft­ware von Data­meer®. Für das DKFZ bedeu­tet die­se Lösung eine schlüs­sel­fer­ti­ge und leis­tungs­star­ke Big-Data Platt­form und für die Pati­en­ten steht hin­ter dem Fak­tor Zeit beson­ders eins – Hoff­nung. Dr. Mat­thi­as Schles­ner, Head of Com­pu­ta­tio­nal Onco­lo­gy, DKFZ:

Die Ana­ly­se groß­ska­li­ger bio­me­di­zi­ni­scher Daten­sät­ze in der Krebs­for­schung und bei der Unter­su­chung gene­ti­scher Erkran­kun­gen setzt vor­aus, dass Roh­da­ten bes­ser für eine schnel­le und par­al­le­le Ver­ar­bei­tung orga­ni­siert wer­den. Das lässt sich mit­hil­fe von Big-Data-Infra­struk­tu­ren und einer ent­spre­chen­den Ana­ly­se­soft­ware bewerk­stel­li­gen. Dadurch erhal­ten unse­re For­scher deut­lich schnel­ler Ant­wor­ten auf ihre Fra­gen. Das wie­der­um kommt dem Pati­en­ten zugute.

Eine Visi­on, die den Kern der Sache trifft

Je schnel­ler die For­scher des DKFZ auf ihre Fra­gen eine Ant­wort fin­den, des­to mehr dür­fen Krebs­pa­ti­en­ten auf eine Chan­ce hof­fen. Bereits in unse­rer Visi­on, der „Human Centric Inno­va­ti­on”, haben wir die Grund­sät­ze die­ser Zusam­men­ar­beit fest ver­an­kert: Wir glau­ben, dass wah­re Inno­va­ti­on durch die Zusam­men­ar­beit von Men­schen ent­steht, die Lösun­gen für Men­schen schaf­fen. Im Fall des Deut­schen Krebs­for­schungs­zen­trums tra­gen wir mit unse­rer Tech­no­lo­gie dazu bei, Men­schen zu hel­fen und ver­tre­ten unse­re Visi­on ein­mal mehr. Dr. Fritz Schin­kel, Head of Com­pe­tence Cen­ter Big Data, Fuji­tsu:

Nicht nur Unter­neh­men, son­dern auch For­schungs­ein­rich­tun­gen wie das Deut­sche Krebs­for­schungs­zen­trum pro­fi­tie­ren von Big-Data-Tech­no­lo­gien. Doch dazu benö­ti­gen sie eine Hoch­leis­tungs­platt­form, die sich auf ein­fa­che Wei­se imple­men­tie­ren und bei Bedarf schnell erwei­tern lässt. Mit Inte­gra­ted Sys­tem PRIMEFLEX for Hado­op steht eine Lösung zur Ver­fü­gung, die exakt die­se Anfor­de­run­gen erfüllt. Damit leis­tet Fuji­tsu einen maß­geb­li­chen Bei­trag zu einer „Human Centric Intel­li­gent Society”.

Den gesam­ten Vor­trag der Refe­ren­ten kön­nen Sie sich auf Sli­desha­re anse­hen. Wir zie­hen aus dem „bit­kom Big Data Sum­mit” ein rund­um posi­ti­ves Fazit. Vom erklär­ten Ziel des DKFZ – ein Leben ohne Krebs – mögen wir zwar noch weit ent­fernt sein, aber mit jedem Schritt auf die­sem lan­gen Weg kom­men die­sem Ziel viel­leicht ein Stück­chen näher.

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